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Le Ministère de l'Agriculture est chargé de la mise en œuvre des politiques sectorielles dans les domaines de la sécurité alimentaire, du développement rural et de l'Eau.
Il a également pour mission la promotion et le développement de la production animale et végétale, l'amélioration du couvert végétal, l'étude et l'exploitation des ressources en eau, ainsi que la production halieutique.
Il a en charge la préparation, la coordination et la mise en œuvre de la politique du Gouvernement en matière de sécurité alimentaire.
Il a également en charge le développement de la pêche, l'exploitation des ressources halieutiques ainsi que l'industrialisation des produits de la pêche.
Dans ce cadre et conjointement avec les ministères compétents il définit, conçoit et met en œuvre la politique de mise en valeur des ressources maritimes.
Il est également chargé de la politique de développement rural. A ce titre, il met en place les mesures d'aide à la production, à la promotion des activités agricoles et agro-pastorales. Il s'appuie également sur le laboratoire de biotechnologie végétale.
Il veille au contrôle vétérinaire et alimentaire et détermine les normes sanitaires de la production nationale.
A ce titre et conjointement avec les Ministères compétents, il veille à la conformité des produits alimentaires aux normes sanitaires et techniques. Il s'appuie pour cela sur le Laboratoire d'Hygiène Alimentaire ou sur tout autre organisme compétent.
Conjointement avec le Ministère de l'Environnement et du Développement Durable, il a en charge la mise en œuvre des programmes de lutte contre la désertification.
Dans le domaine de l'Eau, il a en charge la préparation et la mise en œuvre de la politique du gouvernement en-matière d'eau aussi bien en milieu urbain qu'en milieu rural.
A ce titre, il est chargé de la politique et des projets d'approvisionnement en eau qui incluent entre autres la conception, la construction, l'exploitation et l'entretien des ouvrages hydrauliques de surfaces et tout autre ouvrage ayant trait aux ressources hydrauliques.
En matière d'assainissement, et conjointement avec les ministères compétents, il est chargé de coordonner et de mettre en œuvre la politique du gouvernement en matière d'assainissement à travers la conception et la mise en œuvre du schéma directeur et des infrastructures d'assainissement.
L'Office National des Eaux et de l'Assainissement de Djibouti, le Laboratoire National d'Analyses Alimentaires et le Fonds de l'Eau sont placés sous sa tutelle.
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